燃氣鍋爐水中會含有很多的雜質，在鍋爐內經濃縮厚形成水垢或沉淀，成為沉積物附著在鍋爐內，不但增加了燃料的費用，甚至導致爐管過熱而發生爆裂。
 
當燃氣鍋爐蒸汽夾帶一部分水滴到蒸汽系統中時，將造成現場疏水器不斷工作而浪費能源，且鍋爐也不容易加熱，易導致鍋爐熄火。

對鍋爐本體的腐蝕， 由于水中含有溶存氧，當溶存氧隨燃氣鍋爐給水進入爐內，與鍋爐的金屬材料起反應而引起腐蝕，會使爐管穿孔導致破管，減少鍋爐的使用壽命；對回收水管路的腐蝕：當空氣中的二氧化碳、氧氣進入回收管路時易造成酸性腐蝕和孔蝕。